খাদ্য অধিদপ্তর গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের খাদ্য মন্ত্রণালয়ের অধীন একমাত্র সংস্থা। ঔপনিবেশিক আমলে ১৯৪৩ সালে বাংলার দুর্ভিক্ষ মোকাবিলা করার জন্য তৎকালীন প্রাদেশিক সরকার Bengal Rationing Order/1943 জারি করে এবং Bengal Civil Supplies Dept. প্রতিষ্ঠা করে। ১৯৫৫ সাল হতে ১৯৫৬ সালে পর্যায়ক্রমে সিভিল সার্ভিস বিভাগ অবলুপ্ত করা হয়। অবলুপ্তির কুফল হিসেবে খাদ্য দ্রব্যের মূল্য অস্বাভাবিক ভাবে বৃদ্ধি পায় এবং দেশে বিশৃঙ্খলা দেখা দেয়। ফলে ১৯৫৬ সালে তৎকালীন সরকার কর্তৃক তড়িঘড়ি করে বেসরকারি সরবরাহ বিভাগের অবয়বে খাদ্য বিভাগ পুনঃপ্রতিষ্ঠা করা হয়। ১৯৫৭ সালে খাদ্য বিভাগকে একটি স্থায়ী বিভাগে রূপান্তর করা হয়। স্বাধীনতা অর্জনের পর Food and Civil Supplies Ministry এর অধীনে পূর্বের প্রাতিষ্ঠানিক কাঠামোসহ ‘খাদ্য ও বেসামরিক সরবরাহ বিভাগ’ নামে পাঁচটি পরিদপ্তরের সমন্বয়ে খাদ্য বিভাগ প্রতিষ্ঠা লাভ করে। পরবর্তীতে পরিদপ্তরসমূহের সমন্বয়ে নতুনভাবে খাদ্য অধিদপ্তর (Directorate General of Food) নামে পুনর্গঠন ও পুনর্বিন্যাসপূর্বক বর্তমান প্রাতিষ্ঠানিক রূপ প্রদান করা হয়। যেহেতু অতীতে দেশের বিভিন্ন এলাকায় খাদ্য ঘাটতি ছিল; সেহেতু খাদ্য অধিদপ্তর বাংলাদেশ সরকারের অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ বিভাগের একটিতে পরিণত হয়। বর্তমানে দেশের আপৎকালীন মজুত গড়ে তোলা এবং খাদ্য নিরাপত্তা নিশ্চিত করার লক্ষ্যে খাদ্য অধিদপ্তর বাংলাদেশ সরকারের অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ প্রতিষ্ঠান হিসেবে দায়িত্ব পালন করছে।